YouTubeの3D動画は左右に動画のサムネイルが並んだ状態になります。最初に画面を「最大化」ボタンで大きくしてください。

右下に「3D」ボタンが表示されています。ここをクリックすると3D視聴再生方式を切り替えることができます。

「赤／シアン」では左右に赤青の色が付いたメガネで見ることができます。他の設定を選択する場合には、「他のオプション」を選択します。

すると他の再生方法を選択することができます。「メガネなし」を選んだ場合には、左目用と右目用の映像が並んで表示され、平行法による立体視が可能です。また、2Dで見るには「3Dをオフにする」を選べば通常の動画として再生されます。